واحدة من الفوائد البيئية الأكثر وضوحا للأكوابونيكس هي الاستخدام الفعال للمياه. يمكن أن تكون الزراعة التقليدية القائمة على التربة كثيفة الاستخدام للمياه، مما يؤدي في كثير من الأحيان إلى الإفراط في استخراج المياه الجوفية أو تحويل الأنهار والجداول. في المقابل، يقوم نظام الأكوابونيكس بإعادة تدوير المياه داخل النظام، مما يقلل من إجمالي استهلاك المياه بشكل ملحوظ. المياه المستخدمة في أحواض الأسماك غنية بالمواد المغذية، والتي يتم توصيلها بعد ذلك مباشرة إلى النباتات، مما يجعلها طريقة فعالة للغاية لزراعة المحاصيل.

وتعتمد الزراعة التقليدية في كثير من الأحيان على الأسمدة الكيماوية والمبيدات الحشرية، التي يمكن أن تلوث التربة والمياه، مما يؤدي إلى آثار بيئية ضارة. في نظام الأكوابونيكس، توفر مخلفات الأسماك الغنية بالمغذيات سمادًا طبيعيًا للنباتات، مما يلغي الحاجة إلى المواد الكيميائية الاصطناعية. وهذا يقلل من التأثير البيئي المرتبط بإنتاج وجريان المواد الكيميائية الزراعية الضارة.

يعد تسخير قوة الحشرات المفيدة حلاً طبيعيًا ومستدامًا في زراعة الأكوابونيكس، ومكافحة الآفات الضارة بشكل فعال دون الحاجة إلى مبيدات حشرية كيميائية، وتعزيز نظام بيئي أكثر صحة وتوازنًا. تضمن هذه الممارسات حماية الأسماك من التعرض للمواد الكيميائية الضارة.

يمكن تصميم أنظمة الأكوابونيكس لتعظيم الاستفادة من المساحة. على سبيل المثال، تسمح تقنيات الزراعة الرأسية للمزارعين بتكديس مستويات متعددة من النباتات، مما يؤدي إلى الاستخدام الفعال للأراضي المحدودة أو المساحات الداخلية. هذا الاستخدام الفعال للأراضي يقلل من تعطيل الموارد وتحويل الأراضي للزراعة.

من خلال التركيز على أنواع الأسماك المحلية أو المستدامة في أنظمة الأكوابونيكس، يمكن للمزارعين المساهمة في الحفاظ على التنوع البيولوجي المائي. يساعد تجنب استخدام الأنواع المفرطة في الاستغلال أو المهددة بالانقراض في الحفاظ على التوازن البيئي في النظم البيئية المائية.

في تربية الأحياء المائية التقليدية، يمكن أن تتراكم مخلفات الأسماك وتلوث المسطحات المائية، مما يتسبب في ضرر للحياة المائية. في نظام الأكوابونيكس، تعمل جذور النباتات كمرشح طبيعي، حيث تزيل العناصر الغذائية الزائدة من الماء وتمنع التلوث. هذا الجانب الصديق للبيئة من نظام الأكوابونيكس يقلل من تأثيره على النظم البيئية المائية المحلية.

يمكن أن تعمل أنظمة الأكوابونيكس على مدار العام، بغض النظر عن التغيرات المناخية الموسمية. ويساعد هذا الإنتاج المستمر على استقرار الإمدادات الغذائية، مما يقلل الحاجة إلى تخزين المواد الغذائية على نطاق واسع، وهو ما يمكن أن يستهلك الكثير من الطاقة ومكلفًا بيئيًا.